第五条

省林业行政主管部门是保护区的主管部门。其所属的甘肃祁连山国家级自然保护区管理局（以下简称管理局）具体负责管理保护区内的自然资源和自然环境。

甘肃祁连山国家级自然保护区保护站（以下简称保护站）负责对本辖区内自然资源和自然环境的管理,由管理局和所在地市（甘肃中牧山丹马场总场）、县（区）林业行政主管部门双重领导，以市、县为主。