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市、鱼台县人民政府农业农村部门负责加强对鱼台大米种质资源的保护和利用，完善鱼台大米良种繁育体系，推广鱼台大米良田良种良机良法种植，统筹指导鱼台大米栽培种植、施肥管理、病虫害防治等生长全过程，提升鱼台大米品质。

市、鱼台县人民政府生态环境部门负责对鱼台大米种植区域的规模灌区灌溉用水水质、大气环境质量开展监测和评价。

市、鱼台县人民政府市场监督管理部门（知识产权管理部门）负责鱼台大米知识产权保护、标准化建设、质量发展等，依法打击侵权假冒等违法行为。

市、鱼台县人民政府发展改革、公安、财政、商务、文化和旅游、大数据等部门和气象等机构按照各自职责，做好鱼台大米的保护和管理工作。