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市、县（区）人民政府林业草原主管部门负责那曲冬虫夏草的保护和管理工作。

市场监督管理、公安、自然资源、生态环境、商务、经济和信息化、教育、财政、气象、文化旅游、科学技术、统计、特色产业发展、税务等相关部门，按照各自职责做好那曲冬虫夏草保护和管理相关工作。