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文物行政主管部门负责查海文化遗址保护的监督管理。

文化旅游、发展改革、财政、自然资源、农业农村、水利、林业和草原、生态环境、民政、国有资产、人力资源社会保障、教育、科技、交通运输、住建、商务、市场监管、公安、司法行政、审计等部门，按照职责分工，做好查海文化遗址保护相关工作。

阜新查海遗址博物馆负责征集、收藏、保管、研究、展示、交流与查海文化遗址相关的文物。