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自治州人民政府库区生态环境建设管理机构（以下称作库区主管部门）负责库区生态环境保护、建设的协调、服务、统一规划和监督管理。

州政府和库区相关县的农业、林业、畜牧、水电、交通、建设、环保、国土资源、旅游等行政主管部门，按各自的职责，配合库区主管部门依法做好库区环境保护工作。