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生态环境主管部门负责新丰江水库集水区域水污染防治的统一监督管理工作。

水行政主管部门负责新丰江水库集水区域水资源保护、河道综合治理等监督管理工作。

农业农村主管部门负责新丰江水库集水区域农业种植面源污染的源头管控，畜禽养殖废弃物综合利用的指导和服务，以及渔业生产等监督管理工作。

林业主管部门负责新丰江水库集水区域林地范围林业生态建设和森林资源保护等工作。

发展改革、工业和信息化、公安、民政、财政、自然资源、住房城乡建设、交通运输、文化广电旅游体育、卫生健康、应急管理、水库移民、城市管理和综合执法、水资源开发管理等主管部门以及气象主管机构、海事管理机构在各自职责范围内，做好新丰江水库水质保护相关工作。