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市、清水河流域县（区）人民政府水行政主管部门负责清水河流域水安全、水资源、水土保持、水域岸线等监督管理工作。

生态环境部门负责清水河流域生态环境监督管理工作。

自然资源（林业和草原）部门负责清水河流域国土空间规划管理、生态保护与修复等工作。

发展和改革、工业和信息化、公安、财政、住房和城乡建设、农业农村、城市管理等部门按照各自职责做好清水河流域保护相关工作。