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市、县（市、区）人民政府生态环境主管部门负责府澴河流域环境污染防治的监督管理，指导、协调和监督生态保护修复工作。

水行政主管部门负责府澴河流域水资源保护、河道、水域岸线管理以及指导河湖水生态修复、水利设施建设等工作。

自然资源和城乡建设主管部门负责统筹府澴河流域国土空间用途管制，指导开展国土空间生态修复。

农业农村主管部门负责指导府澴河流域畜禽养殖废弃物资源化利用和水产健康养殖，管理化肥、农药等农业投入品的使用。

林业主管部门负责府澴河流域林地的管理和保护、湿地资源的监督管理。

文化和旅游主管部门负责指导府澴河流域文化遗产保护、传承和利用。

发展改革、经济和信息化、住房和城市更新、应急管理、城市管理执法、交通运输等部门按照各自职责做好府澴河流域保护相关工作。