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农业农村主管部门负责化州柚种质资源、产地和种植保护，以及化州柚果实采收和初级产品加工的监督指导等工作。

市场监督管理部门负责规范和维护化橘红市场秩序、知识产权保护等工作。

中医药主管部门负责化橘红中药材保护的专业指导工作。

林业主管部门负责化州柚林木资源的监督管理和化州柚古树资源的保护等工作。

文化广电旅游体育主管部门负责指导化橘红非物质文化遗产的保护和传承、文化产业发展、旅游资源开发等工作。

发展改革、科技、工业和信息化、公安、民政、财政、自然资源、生态环境、住房和城乡建设、商务、城市管理和综合执法、金融工作等部门在各自职责范围内做好化橘红保护相关工作。