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自治州农业农村主管部门指导新疆黑蜂遗传资源保护工作；尼勒克县农业农村主管部门具体负责新疆黑蜂遗传资源保护与管理工作。

生态环境、发展和改革、自然资源、公安、林业和草原、畜牧兽医、市场监督等部门在各自职责范围内，负责新疆黑蜂遗传资源保护与管理的相关工作。