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伊犁哈萨克自治州阿勒泰地区行署设立生态文明建设与环境保护工作领导小组，负责全地区生态文明建设与环境保护工作。其主要职责是：

（一）组织编制并实施全地区的主体功能区划、生态功能区划和环境功能区划，明确不同区域的功能定位和发展方向；

（二）审查涉及全地区的生态环境保护与可持续发展有关专项规划；

（三）调查研究全地区的生态环境保护与可持续发展状况，提出政策建议；

（四）协调督促检查全地区的生态环境保护与可持续发展工作，对重大项目进行初审；

（五）地区行署规定的其他职责。

地区生态文明建设与环境保护工作领导小组办公室设立在地区环境保护局，负责全地区生态环境保护日常工作。

县（市）人民政府负责本行政区域内的生态环境保护与可持续发展工作。

环境保护、国土资源、水利、草原、林业、农业、旅游、城建、交通等行政主管部门，按照各自职责，共同做好生态环境保护工作。