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苏州市阳澄湖水源水质保护委员会（以下简称保委会）行使市人民政府对阳澄湖水源水质保护工作的组织、协调、监督职能。保委会由市环境保护、规划、水利（水务）、农林、建设、国土资源、交通、发展和改革、经济贸易、卫生、工商、监察等行政主管部门和常熟市、昆山市、相城区、平江区人民政府以及苏州工业园区管委会的主要负责人组成，由市人民政府主要负责人任主任。保委会下设办公室（以下简称保委办），保委办设在市环境保护行政主管部门，负责保委会的日常工作。

常熟市、昆山市、相城区、平江区人民政府以及苏州工业园区管委会（以下简称相关政府）成立相应的保护机构，具体负责阳澄湖水源水质保护工作。

各有关行政主管部门按照各自的职责，负责阳澄湖水源水质保护工作。