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市、南汀河流域县区水行政部门负责南汀河流域水资源保护、水土保持、河道管理、防洪等监督管理工作；环境保护行政部门负责南汀河流域水污染防治的统一监督管理工作；林业行政部门负责南汀河流域森林资源的保护管理工作。

发展和改革、工业和信息化、公安、财政、国土资源、住房和城乡建设、城乡规划、交通运输、农业、文化、卫生、旅游、市场监管、外事、扶贫等部门按照各自职责做好南汀河流域保护管理工作。